病毒性肝炎并发再生障碍性贫血的原因尚不明确，但目前多认为有以下几种原因：
病毒性肝炎并发再障的原因一：病毒直接损害骨髓肝细胞及染色体，使其停止在分化发育的某个阶段，造成成熟障碍；
病毒性肝炎并发再障的原因二：自身免疫反应损害骨髓微环境及干细胞，从而阻碍骨髓造血；
病毒性肝炎并发再障的原因三：个体易感性。
病毒性肝炎并发再障的原因四：肝炎患者的肝脏对机体的中间代谢产物及外来毒物的解毒能力降低，使之在血液中的浓度持续增高，消化道症状又使造血所需要的营养物质供应减少，这些因素均可增加再障的发病的危险性；